Giữa anh em vua Thái Đức dù giảng hoà nhưng chưa hoàn toàn xoá bỏ hiềm nghi. Ông vẫn ngầm mang ý định giành lại quyền lực. Nhân tướng Nguyễn Văn Duệ dưới trướng Nguyễn Huệ vốn được giao giữ Nghệ An để đề phòng Nguyễn Hữu Chỉnh lại ngả theo Nguyễn Nhạc, ông bèn tranh thủ sự ủng hộ của viên tướng này. Tháng 3 năm 1788, Nguyễn Duệ vào Quy Nhơn theo Nguyễn Nhạc rồi mang quân đánh ra Quảng Nam do Nguyễn Huệ quản lý. Duệ nhanh chóng bị đánh tan. Duệ bị bắt và xử tử[17].

Anh em còn hiềm nghi nên Nguyễn Huệ không thể dễ dàng mang đại quân qua vùng Nguyễn Nhạc quản lý vào Nam Bộ[18]. Sau cái chết của Nguyễn Văn Duệ và sau đó là Vũ Văn Nhậm và diễn biến chiến trường Nam Bộ, vua Thái Đức đã tỏ ra bất lực và không gượng dậy được[17]. Không thể kìm chế người em hùng lược và thực lực đã suy, cuối năm 1788, ông từ bỏ đế hiệu và niên hiệu Thái Đức, tự xưng là Tây Sơn vương. Ông viết thư cho Nguyễn Huệ, chỉ xin giữ Quy Nhơn và nhường toàn bộ binh quyền, đất đai trong cả nước cho vua em; đồng thời ông cầu khẩn vua em mang gấp đại binh vào cứu Nam bộ (chiếu lên ngôi của Quang Trung nói rõ vấn đề này, trong đó có đoạn "...về phần đại huynh (Nguyễn Nhạc) có ý mỏi mệt, tình nguyện giữ một phủ Quy Nhơn, tự nhún xưng là Tây Vương, mấy nghìn dặm đất về phương nam thuộc hết về trẫm...)[19].

Tuy nhiên lúc đó Bắc Bình vương dù biết lời cầu khẩn của ông nhưng không thể vào nam tham chiến vì 20 vạn quân Thanh do Lê Chiêu Thống rước về đã vượt qua biên giới. Nguy cơ phía bắc rõ ràng lớn và gấp hơn nên vua em buộc phải hoãn việc nam tiến thêm một thời gian nữa.